חקלאות הסלמון קיבלה את חלקה בביקורת על פגיעה בסביבה. סלמון רבים מגודלים במכלאות נטו, המאפשרות פסולת דגים, כימיקלים ותוצרי לוואי של חקלאות להתפשט לטבע. יש גם איום של פתוגנים שעלולים לשגשג במכלאות צפופות ולברוח כדי לפגוע באוכלוסיות הדגים הטבעיים. מחלה אחת, אנמיה סלמון זיהומית, נחשבה בעבר כבעיה בלעדית לסלמון האטלנטי המעובד. מחקר חדש שנערך על ידי קבוצת חוקרים מאוניברסיטת סיימון פרייזר בקולומביה הבריטית מצא כי הנגיף הדומה לשפעת מדביק אוכלוסיות סלמון טבעיות.
אנמיה סלמון זיהומית נצפתה לראשונה בשנת 1984 והיא מופיעה לרוב בעטי סלמון צפופים ומטונפים. כפי שהשם מרמז, הנגיף גורם לאנמיה, המצב בו לגוף אין מספיק תאי דם אדומים בריאים בכדי להעביר חמצן לרקמותיו. דגים נגועים עשויים להפגין תסמינים - כמו זימים חיוורים ואובדן תיאבון - או שהם עשויים להראות כלפי חוץ בסדר גמור. בעוד שהמחלה אינה מהווה סיכונים לבני אדם, היא עלולה למחוק כלפי מעלה של 70 אחוז מאוכלוסיית הסלמון החקלאית.
זו הפעם הראשונה שהמחלה נמצאת בדגי בר מול חופי צפון אמריקה. לאחר שצפו בירידה באוכלוסיית הסלמון מול חופי קולומביה הבריטית, החוקרים אספו 48 דגימות למחקר וגילו שני דגי נעורים שנדבקו במחלה. אמנם כרגע אין שום ראיות המקשרות באופן מוחלט את גידול הדגים לנוכחות אנמיה של סלמון באוכלוסיות בר, אך עלולות להיות השלכות הרסניות, לא רק לענף הדייג, אלא לחיות הבר התלויות בסלמון למאכל. ג'יימס ווינטון, מנהל המחלקה לבריאות הדגים בארה"ב בסקר הגיאולוגי בארה"ב, אמר לסוכנות הידיעות אי. פי. "היו מודאגים. אם תוצג אותה, היא תוכל להסתגל לסלמון השקט. "
