ברישומים היסטוריים עולה כי לקרוואג'יו היה מזג כספי, בלשון המעטה - דיוויד ווילי של חדשות ה- BBC כותב כי הצייר האיטלקי, יליד מיכלאנג'לו מריסי בשנת 1571, השליך פעם צלחת על מלצר שלא הסכים להצביע אילו מהארטישוקים שהוא מגיש מטוגנים בחמאה ולא בשמן.
אך כפי שמדווח אלכס ויסנטה בעיתון הספרדי " אל פאיס", החוקרים האמינו זה מכבר כי מותה בטרם עת של קרוואג'ו בגיל 38 הוצף על ידי בעיות בריאותיות ארציות יחסית - כלומר מכת שמש התכווצה תוך נחלשת בגלל עגבת. אולם מחקרים חדשים שפורסמו ב- Lancet Disease Disease, מציעים נקודת מבט שונה על מותו של הצייר האיטלקי, ומציעים שהוא נפל קורבן לזיהום מוחי שנגרם במהלך קרב חרב.
דניאלה פיליפה מהעיתון הפורטוגלי Público מדווחת כי צוות של שבעה מדענים צרפתים ואיטלקיים המזוהים עם בית החולים האוניברסיטאי הים תיכוני במרסיי (IHU) ניתח את עיסת השיניים המלאה בכלי הדם בטוחנות הטוחנות של קרוואג'יו באמצעות שילוב של זיהוי DNA ודגימת חלבון. החוקרים חיפשו סימנים של עגבת, מלריה או ברוסלוזיס - שלושה זיהומים הנמצאים בדרך כלל כאשמים פוטנציאליים מאחורי מות האמן - אך לא מצאו כאלה. במקום זאת, כפי שמסביר אלכס ברזוב בפני המועצה האמריקאית למדע ובריאות, הצוות הגיע למסקנה שקרוואג'ו מת בגלל אלח דם, או מדלקת דם, שנגרמה על ידי סטפה מוזהב.
בשנת 1606, התנהגותה האלימה של קרוואג'יו הגיעה לשיאה בדו קרב עם יריבו הרומנטי רנוצ'יו טומסוני. האמן פילח את עורק הירך של יריבו, על פי האנציקלופדיה בריטניקה, וטומסוני נפטר זמן קצר לאחר מכן. כשהוא מורשע ברצח בהיעדרו, נמלט קרוואג'ו מרומא, וחילק את זמנו בין נאפולי, מלטה וסיציליה כאשר ייצר ציורי צ'יארוסקורו פורצי דרך - המנוגדים בין אור לצל לטובת אפקט דרמטי - ניסה להערים על הרשויות, ובאופן לא מפתיע, המשיך למצוא את עצמו מסתבך בסכסוך .
הפרטים סביב ימיו האחרונים של קרוואג'יו דלילים למדי עבור אדם שניהל חיים כה סוערים, אך מרבית החוקרים מסכימים כי הצייר נפטר בטוסקנה במהלך יולי 1610.
כפי שניק סקווירס כותב עבור הטלגרף, בדיוק 400 שנה מאוחר יותר, חוקרים שחפרו בית קברות בעיירה טוסקנה, פורטו ארקול, הודיעו על גילוי מערכת עצמות שנאמר כי היא שייכת לקרוואג'ו. על סמך תיארוך פחמן וניתוח DNA, הצוות הצהיר שהם בטוחים ב -85 אחוז מהממצאים שלהם.
בשנים שחלפו מאז גילויו מחדש של קרוואג'יו, החוקרים הציעו מגוון הסברים על מותו בגיל 38: זמן קצר לאחר הכרזת 2010, דיווח טום קינגטון של הגרדיאן כי הצייר ככל הנראה השתגע על ידי צבעי שטיפת עופרת, שעבדו ב- בשילוב עם פצעים נגועים ובמכת שמש כדי לסיים אותו. בשנת 2012, סקווירי הטלגרף פירטו תיאוריה חדשה שהעמידה את קרוואג'יו נרצחה על ידי אבירי מלטה לאחר שתקפה את אחד מחברי הקבוצה.
המחקר האחרון מביא השערה נוספת לתמהיל, ובונה על מזגו האלים הידוע לשמצה של קרוואג'יו - וסדרה של רמזים מדויקים - כדי לייחס את מות האמן לפציעה שנגרמה במהלך אחת מקטעי הרחוב הרבים שלו. על פי הדיווחים, קטטה זו, שגרמה לזיהום staph, אלח דם ולבסוף, מוות, התרחשה בין חודש ל- 15 יום לפני שהופיעו הסימנים הראשונים לחום קטלני.
עדיין, ישנם חוקרים שאינם משוכנעים. כפי שאוצר מוזיאון ז'קמארט-אנדרה, פייר קירי אומר לוויסנטה של אל פאיס, "יהיו בעתיד [חקירות] אחרות מכיוון שאנחנו לא יודעים הרבה על חייו. קרוואג'ו הוא דמות שבורחת מאיתנו. ואולי עדיף ככה, כי זה מאפשר לנו להקרין את מה שאנחנו רוצים בעבודתו של הצייר הגדול הזה. "
