אינדונזיה היא מקום הולדתה המתעלם של הפליאנתרופולוגיה המקצועית. באירופה באמצע המאה ה -19 גילו המדענים לראשונה מין הומיניד נכחד: ניאנדרטלים. למען האמת, מדויק יותר לומר שמאובנים ניאנדרטלים נמצאו על ידי אנשים שיקים אשר הביאו אותם לידיעתם של אנטומיים ידועים. רק בשנת 1890 נכנס חוקר לשדה וחיפש עצמות הומינידיות. יוג'ין דובואה, רופא הולנדי, נסע לאינדונזיה, אז מושבה הולנדית, בחיפוש אחר אבות אבות אנושיים. בשנת 1891 הוא גילה מאובני הומו ארקטוס והפך את ציד ההומיניד למאמץ ראוי - והפך את אסיה ליעד לפליאנתרופולוגים.
טריניל: תגליותיו של דובואה התרחשו בסמוך לכפר טריניל במרכז ג'אווה. הממצא הראשון שלו היה כיפה, שידועה עד כה לפני 700, 000 עד מיליון שנה. הגולגולת נראתה אנושית, אך היו לה עצמות עבות, גפיים כבדות ומצח נמוך ומשופע. שנה לאחר מכן, בשנת 1892, התאושש דובואה עצם ירך כמעט שלמה שנראתה כמעט מודרנית. הוא החליט שהעצמות שייכות למין שנכחד שהיה "קשר חסר" בין קופי אדם לבני אדם. הוא כינה את המין Pithecanthropus erectus ("איש קוף זקוף"). נקרא לעיתים Java Man, המין כיום נקרא Homo erectus .
נגנדונג: חוקרים הולנדים גילו מאובני H. erectus נוספים, המייצגים 15 אנשים, בג'אווה בשנות השלושים של המאה העשרים ליד הכפר נגנדונג על נהר הסולו של ג'אווה. עד לאחרונה, הפליאנתרופולוגים חשבו שעצמות נגנדונג מייצגות אוכלוסייה ח 'ארקטוס לאחרונה. מחשבה להיות צעירה לפני 30, 000 עד 50, 000 שנה, hominids אלה יכלו להיות בני דורם של הניאנדרטלים ובני האדם המודרניים החיים באירופה ובמערב אסיה. אך ניתוחי עבודות שדה עדכניים יותר וניתוחים מתארים כי ההומינידים של נגנדונג חיו הרבה קודם לכן, מתישהו בין 143, 000 ל- 546, 000 שנה.
מוג'וקרטו: בשנת 1936 חשף עוזר שעבד עם הסקר הגיאולוגי ההולנדי כיפה חלקית של ילד בן שנתיים עד שלוש במזרח ג'ווה. חבר הצוות ראלף פון קניגסוולד, פליאונטולוג גרמני, זיהה את הגולגולת כשייכת להומיניד מוקדם, H. erectus . למרות שהמיקום המדויק, ולכן הגיל, של המאובנים נחקר בשנים האחרונות, מדענים סבורים כי בדרך כלל גולגולת מוג'וקרטו מתוארכת לפני כ- 1.8 מיליון שנה. זה הופך אותה לאחת העצמות ההומינידיות העתיקות ביותר שנמצאו אי פעם מחוץ לאפריקה.
Sangiran: בין 1937 ל- 1941 מצא פון קניגסוואלד מאובנים נוספים של H. erectus באתר Sangiran במרכז ג'אווה. הממצאים כללו שלוש גולגלות חלקיות, לסתות חלקיות ועשרות שיניים מבודדות. מאובנים אלה, המתוארכים לפני יותר ממיליון שנה, עזרו לאשר את תוקפו של מצב המינים של H. erectus . כיום תיירים יכולים לבקר באתר המאובנים, בו קיימת חפירות מתמשכות כמו גם במוזיאון.
פלורס: התגלית ההומינידית האחרונה באינדונזיה הייתה מזעזעת גדולה. בשנת 2004, קבוצת חוקרים מאינדונזיה ואוסטרליה הודיעה כי מצאו אוסף יוצא דופן של מאובנים באי פלורס באינדונזיה. העצמות היו שייכות למיניניד במוח קטן, שגובהו היה פחות מ -4 מטרים ומשקלו פחות מ -70 פאונד - ובכל זאת חלק מהמאובנים היו בני 17, 000 שנה בלבד. החוקרים החליטו כי "ההוביט" שייך למין חדש, Homo floresiensis . ברגע שאבותיו של המין, אולי H. erectus, הגיעו לאי, התפתח ההומיניד להיות קטן יותר כהסתגלות לחיים באי קטן. עם זאת, מבקרים אומרים שההוביט הוא למעשה בן אנוש מודרני עם סוג כלשהו של הפרעה בגדילה.
